Đảng bộ cơ sở Sở Giáo dục và Đào tạo hiện có 69 đảng viên với 6 Chi bộ trực thuộc. Đại hội Đảng bộ Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Phú Yên lần thứ V vào ngày 20 tháng 7 năm 2005 bầu ra BCH đảng bộ gồm 11 đồng chí. Hội nghị lần thứ nhất của BCH đảng bộ đã bầu Ban Thường vụ, Bí thư, phó bí thư. Đầu năm 2007 một đồng chí Đảng uỷ viên được điều động công tác ở cơ quan khác.

Hiện nay Đảng uỷ còn 10 đồng chí.

1. Đ/ chí Nguyễn Văn Tá                     - Bí thư Đảng uỷ.

2. Đ/ chí Trần Khắc Lễ                        - Phí Bí thư Đảng uỷ

3. Đ/ chí Trần Văn Chương                 - Uỷ viên Ban Thường vụ Đảng uỷ

4. Đ/chí Nguyễn Ngọc Đa                    - Đảng uỷ viên

5. Đ/ chí Trương Văn Tho                    - Đảng uỷ viên

6. Đ/ chí Ngô Ngọc Thư                       - Đảng uỷ viên

7. Đ/ chí Lê Thị Hồng                          - Đảng uỷ viên

8. Đ/chí Phan Thanh Phước                - Đảng uỷ viên

9. Đ/chí Nguyễn Thị Trữ                      - Đảng uỷ viên

10. Đ/chí Phạm Đình Chiến                   - Đảng uỷ viên.

Các chi bộ trực thuộc gồm:

1. Chi bộ Tổng hợp có 13 đảng viên do đồng chí Trương Văn Tho làm Bí thư.

2. Chi bộ Chuyên môn có 13 đảng viên do đồng chí Ngô Ngọc Thư làm Bí thư.

3. Chi bộ Tài chính- Tổ chức- Thanh tra có 15 đảng viên do đồng chí Nguyễn Ngọc Đa làm Bí thư.

4. Chi bộ Trung tâm Giáo dục thường xuyên tỉnh có 08 đảng viên do đồng chí Phan Thanh Phước làm Bí thư.

5. Chi bộ Trung tâm kỹ thuật tổng hợp- Hướng nghiệp có 14 đảng viên do đồng chí Nguyễn Thị Trữ làm Bí thư.

6. Chi bộ Trường Niềm vui có 06 đảng viên do đồng chí Phạm Đình Chiến làm Bí thư.

           Từ đầu nhiệm kỳ đến nay, Đảng bộ và các Chi bộ trực thuộc đều được công nhận trong sạch vững mạnh. Có 03 đảng viên được tặng huy hiệu 30 năm tuổi Đảng; 01 đồng chí được Ban Thường vụ Tỉnh uỷ tặng bằng khen, 09 lượt đảng viên được Ban Thường vụ Đảng uỷ khối cơ quan Dân Chính Đảng tặng giấy khen.